ตำบลบางตะไนย์เป็นตำบลที่มีคนมอญเข้ามาอยู่อาศัยกันอย่างหนาแน่น ตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนปลาย ได้กระจาย อยู่ที่ตำบล บางคูวัด ที่วัดเกาะเกรียง วัดบางตะไนย์ อำเภอเมือง จังหวัดปทุมธานี ติดต่อกันมาตามริมแม่น้ำเจ้าพระยา ถึงตำบลบางตะไนย์ อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี ชุมชนนี้ได้ร้างไปเหมือนชุมชนอื่นๆ ในอำเภอปากเกร็ด เมื่อครั้งเสียกรุงศรีอยุธยา พ.ศ. 2310 ครั้นถึงสมัยธนบุรี สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โปรดเกล้าฯ ให้คนมอญมาอยู่ที่ บางตะไนย์นี้อีกครั้งหนึ่ง ใน พ.ศ.2365 มีคน มอญที่เจ้าพระยามหาโยธา (ทอเรี่ยะ) ได้ไปรับครอบครัวมอญจาก เมืองมอญมาพึ่งพระบรมโพธิสมภาร พระบาทสมเด็จ พระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้มาอยู่ที่บางตะไนย์ บางพูด คลองบ้านแหลมใหญ่ และได้อยู่ที่นี่ต่อเนื่องกันมา จนถึง ปัจจุบันนี้

พื้นที่บางตะไนย์นี้แต่เดิมมีต้นข่อยขึ้นอยู่อย่างหนาแน่น ต้นข่อยมีติดต่อกันมากเป็นบริเวณกว้างจนถึงตำบลคลองข่อย อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี และ ตำบลบางคูวัด อำเภอเมือง จังหวัดปทุมธานี มอญเรียกต้นข่อยว่า "คะไน" เรียกหมู่บ้านว่า "กวานคะไน" เมื่อมีการจัดตั้งเป็นตำบลขึ้น จึงเรียกตามชื่อของหมู่บ้านที่คนมอญเรียกว่า บางคะไน และเพี้ยนเป็นเสียง ไทยว่า "บางตะไนย์" เป็น "ตำบลบางตะไนย์" พื้นที่ของบางตะไนย์ครอบคลุมไปถึงจังหวัดปทุมธานี ซึ่งมีเขตติดต่อกัน มีวัดบางตะไนย์ อยู่ในชุมชนบางตะไนย์ แต่เมื่อมีการแบ่งเขตการปกครองของจังหวัดนนทบุรีกับจังหวัดปทุมธานี โดยใช้คลองบางตะไนย์ เป็นแนวแบ่งเขต วัดบางตะไนย์ปัจจุบันจึงไปอยู่ในเขตจังหวัดปทุมธานี ส่วนตำบลบางตะไนย์ในเขตจังหวัดนนทบุรี ไม่มีวัดชื่อ บางตะไนย์

อบต. บางตะไนย์ได้รับการจัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตําบล ตามพระราชบัญญัติสภาตําบลและองค์การบริหารส่วนตําบล พ.ศ. 2539 เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2539